Поздним вечером 18 января 1568 года, когда Эскуриал уже погрузился в сон, недремлющие стражники с изумлением увидели, как по лестнице спускается король, облачённый в доспехи, в орденах и с оружием. Могущественный владыка империи, над которой никогда не заходит солнце, Его Католическое Величество Филипп II шёл по коридорам дворца в сопровождении капитана королевской гвардии герцога де Фериа, его лейтенанта и дона Антонио Толедского (это был брат герцога Альбы и Великий приор мальтийских рыцарей). Следом поспешали двенадцать гвардейцев, гремя алебардами.
Стражники перед дверью были успокоены мановением монаршей десницы, и гранды беспрепятственно вошли в покои принца Карлоса. То ли его разбудило бряцанье оружия, то ли он не спал — но тут же дон Карлос вскочил и закричал в страхе: «Кто здесь?» Офицеры королевской гвардии молча подошли к изголовью его ложа и забрали шпагу, кинжал и заряженную аркебузу. Принц стал кричать ещё громче, сыпать угрозами. Ему ничего не сказали, только заметили: «Здесь государственный совет».
Принц хотел отобрать оружие и защищаться и уже кинулся вперёд, но в этот миг вошёл король. Дон Карлос замер перед отцом, как дон Гуан пред статуей командора. «Чего хочет Ваше Величество от меня?» — осмелился он спросить. «Вы узнаете это», — отвечал Филипп. Следом за королём вошли гвардейцы и слуги. Сейчас же в покоях заколотили окна и двери. Король всё это время молча глядел на сына, который не мог проронить ни слова. Когда покои были превращены в тюремную камеру, Филипп приказал дону Карлосу спокойно оставаться в этой комнате до дальнейших указаний, затем подозвал герцога Фериа и сказал: «Я вам поручаю особу принца, позаботьтесь о нем и постерегите его».
Сразу же после этого король сделал доклад обычным советам и членам государственного совета об аресте своего сына, произведённом «по делу, касающемуся службы Богу и государству». Очевидцы говорили, что отдавая приказы Филипп II, этот железный и суровый человек, проливал слёзы…
Единственный наследник Испанской короны был головной болью своего отца. Неужели после могущественного Карла V и властного Филиппа II престол должен достаться этому слабому юноше, который не выглядел и бледной тенью предков? Дед, конечно, в воспитании внука вовсе не участвовал, поскольку постоянно колесил по своей неспокойной империи, но ведь отец прилагал все мыслимые усилия, чтобы вырастить настоящего правителя. Лично составлял программу обучения, искал лучших наставников, постоянно осведомлялся об успехах наследника — без толку. Дон Карлос был исключительно нерадив, и учиться не мог и не желал. Как писали современники про шестнадцатилетнего принца, «он так туп, что ещё не знает латыни!» Впрочем, он вообще не выучил ни одного языка кроме испанского. Физическими упражнениями дон Карлос так же пренебрегал на свою беду и постоянно болел.
Хуже всего, что и характер у принца был таким, словно это с него Шарль де Костёр списывал образ его отца Филиппа II в «Легенде об Уленшпигеле». Например, юный принц обожал, чтобы после охоты добычу убивали на его глазах, а однажды получил знатную трёпку от отца за то, что отрезал головы подаренным обезьянкам. Эти качества в будущем только развились — принц часто приходил в бешенство, устраивал истерики, кидался на слуг и дворян то с кулаками, то с оружием, а тем оставалось только уворачиваться и звать на помощь, чтобы не совершить преступление против особы королевской крови. Так, во время принесения присяги дону Карлосу как наследнику престола герцог Альба забыл подойти к принцу в одной из частей ритуала, и тот смертельно оскорбил этого славного гранда, так что до конца дней они были врагами. Второй раз они столкнулись, когда Филипп II назначил Альбу командующим армией, направленной для подавления мятежа во Фландрии. Принц на государственном совете начал громко возмущаться, мол, отчего ему, наследнику престола, не дадут возможности показать себя на войне. Отец его на такие речи мягко намекнул, что герцог Альба — опытный и умелый полководец, и с задачей справится всяко лучше зелёных юнцов. Взбешённый дон Карлос после совета подскочил к герцогу и после оскорбительных слов достал шпагу и хотел заколоть гранда, но Альба стиснул его в железных руках и обезоружил. Не исключено, что на состоянии инфанта отразился тот факт, что родители Карлоса король Испании Филипп II и Мария Португальская приходились друг другу близкими родственники, а одной из прабабушек мальчика была знаменитая королева Хуана I Безумная

Постепенно выходки принца становились всё более возмутительными, причиняя большое беспокойство Филиппу II. Не знаю, в чём дело, почему не удалось воспитать из наследника достойного человека. Или и правда не всё определяется усилиями воспитателей и учителей? Вообще, мало кому из великих правителей удавалось вырастить себе достойную смену, но обычно они просто не занимались детьми, тут же это было не так.
В конце концов принц настолько возненавидел отца, что решился убить его. И хорошо, что он так явно начал к этому стремиться, ведь тем самым он избавлял отца от многих мучительных раздумий. Не раз уже Филиппу советовали принять жёсткие меры против сына, но он всё не решался, потому что несмотря на все недостатки любил Карлоса и корил себя за неудачу в его воспитании.
По скудости ума принц не сумел скрывать свои планы, и признался в них нескольким людям, в том числе дону Хуану Австрийскому, брату короля, победителю при Лепанто. Тот ответил на предложение присоединиться к заговору, что, мол, целиком и полностью с вами согласен, мой принц, а сам, едва за Карлосом закрылась дверь, поспешил к королю. После ареста принца началось долгое следствие, которое вёл сам король. Вина дона Карлоса была полностью доказана, и об этом Филипп II сообщил всем монархам Европы, рассудив, что лучше им знать правду, чем нелепые легенды, которые не замедлили бы придумать при тайном процессе.
Дело шло к необходимости смертной казни по законам королевства. Королю советовали простить сына, ведь стране был нужен наследник. Но Филипп II, которого считают мрачным, кровожадным и фанатичным тираном без сердца и души, королём, чьё любимое развлечение — взирать на торжественные ауто-да-фе, — так вот, он отвечал так: «Сердце велит мне прислушаться к мнению советников, но совесть не позволяет этого; я не думаю, чтобы в результате вышло какое-нибудь благо для Испании; я полагаю, напротив, что величайшее бедствие, которое могло бы случиться с моим королевством, произойдёт, если им будет управлять монарх, лишённый воспитания, таланта, рассудительности, добродетелей и полный пороков, страстей, особенно раздражительный, жестокий и свирепый; все эти соображения принуждают меня, вопреки любви, связывающей меня с сыном, и безысходной тоске, причиняемой этой страшной жертвой, продолжать судопроизводство по формам, предписанным законами».
Судьбе было угодно избавить короля от казни сына. Дон Карлос недолго прожил в заключении, поскольку изнурял себя то отказом от пищи, то непомерным обжорством, в чём ему запрещено было препятствовать. Чувствуя жар, он велел обложить себя льдом и глотал лёд, болезнь усилилась и вскоре врачи сообщили Его Величеству, что надежды на излечение нет.
Король ни разу с момента ареста не приходил увидеться со своим сыном. Только в ночь с 23 на 24 июля, узнав что дон Карлос при последнем издыхании, Филипп II пришёл в его комнату в сопровождении принца Эволи и Великого приора мальтийских рыцарей. Сын спал и не заметил отца. А тот молча перекрестил его и пошёл прочь, весь в слезах…